Configuration logicielle

Liste des logiciels installés sur les machines de la ferme SLURM

CernVM-FS Toutes les versions des softs des expériences alice, cms et ilc sont présents dans les répertoires /cvmfs/alice.cern.ch, /cvmfs/cms.cern.ch /cvmfs/ilc.desy.de (les répertoires sont auto-montés quand vous accédez à l'intérieur). Ces répertoires sont disponibles sur toutes les UI et sur tous les Worker Nodes de la ferme SLURM.

Liste exaustive des repositories CernVM-FS les plus souvent utilisés : /cvmfs/alice.cern.ch, /cvmfs/cms.cern.ch, /cvmfs/oasis.opensciencegrid.org, /cvmfs/gwosc.osgstorage.org, /cvmfs/dirac.egi.eu, /cvmfs/grid.cern.ch, /cvmfs/sft.cern.ch, /cvmfs/geant4.cern.ch, /cvmfs/ilc.desy.de, /cvmfs/singularity.opensciencegrid.org, /cvmfs/francegrilles.in2p3.fr, /cvmfs/fermilab.opensciencegrid.org, /cvmfs/dune.opensciencegrid.org.

Softs spécifiques et autres paramètres

Nom Version Commande Description
Software Stacks for CERN Experiments and Users (ROOT, Geant4, Python, ML frameworks, MC Generators, CMake, gcc, go, llvm, julia...) Mis à jour régulièrement :

ROOT : 5.34..6.38

Geant4 : 10.01 .. 11.4

CMake : 3.4 .. 3.30

gcc : 4.8.1 .. 16.1

cuda : 10.0 .. 13.3

dask : 1.2.2 .. 2025.2

fftw3 : 3.1.2 .. 3.3.8

go : 1.9.2 .. 1.12.5

jupyterlab : 1.2.6 .. 4.4.7

keras : 1.1.0 .. 3.7.8

R : 3.2.0 .. 4.3.0

tensorflow :1.1.1 .. 2.8.0

torch : 1.1.0 .. 2.7.1

et beaucoup d'autres :

ls /cvmfs/sft.cern.ch/lcg/releases

 Quelques exemples :

ROOT 6.38 gcc13 : source /cvmfs/sft.cern.ch/lcg/releases/ROOT/6.38.00-2faad/x86_64-el9-gcc13-opt/bin/thisroot.sh

ROOT 6.26 gcc12: source /cvmfs/sft.cern.ch/lcg/releases/ROOT/6.26.08-01fad/x86_64-centos9-gcc12-opt/bin/thisroot.sh

Geant4 11.3.0 gcc14 : source /cvmfs/sft.cern.ch/lcg/releases/Geant4/11.3.0-86733/aarch64-el9-gcc14-opt/bin/geant4.sh

GCC 11.3.1 : source /cvmfs/sft.cern.ch/lcg/releases/gcc/11.3.1/x86_64-centos9/setup.sh

GCC 12.1.0 : source /cvmfs/sft.cern.ch/lcg/releases/gcc/12.1.0/x86_64-el9/setup.sh

GCC 13.1.0 : source /cvmfs/sft.cern.ch/lcg/releases/gcc/13.1.0/x86_64-el9/setup.sh

GCC 14.3.0 : source /cvmfs/sft.cern.ch/lcg/releases/gcc/14.3.0/x86_64-el9/setup.sh

GCC 15.2.0 : source /cvmfs/sft.cern.ch/lcg/releases/gcc/15.2.0/x86_64-el9/setup.sh

 https://lcgdocs.web.cern.ch/lcgdocs/lcgreleases/introduction/

less /cvmfs/sft.cern.ch/lcg/README.md

ls /cvmfs/sft.cern.ch/lcg/releases

ls /cvmfs/sft.cern.ch/lcg/releases/MCGenerators
Librairie Boost 1.75 Par défaut
compilateurs Intel v11 Suivant votre $SHELL :

SH,BASH : source /soft/env/intel.sh

CSH,TCSH : source /soft/env/intel.csh

 Compilateur C (icc)  et fortran (ifort) Intel
compilateurs Intel, Intel Math Kernel Library (MKL), Intel Threading Building Blocks (TBB), Intel Data Analytics Acceleration Library (DAAL), MPI Library 2020 (v19) Suivant votre $SHELL :

SH,BASH : source /soft/intel/2020/bin/compilervars.sh intel64

CSH,TCSH : source /soft/intel/2020/bin/compilervars.csh intel64

 Compilateur C (icc)  et fortran (ifort) Intel ...
devtoolset-12 Software Collection 12 scl enable gcc-toolset-12 'gcc -v' GCC 12.2.1, GDB 11.2, binutils 2.38, dwz 0.14, annobin 11.08 ...
devtoolset-13 Software Collection 13 scl enable gcc-toolset-13 'gcc -v' GCC 13.2.1, GDB 12.2, binutils 2.40, dwz 0.14, annobin 12.32 ...
devtoolset-14 Software Collection 14 scl enable gcc-toolset-14 'gcc -v' GCC 14.2.1, binutils 2.41, dwz 0.14, annobin 12.70 ...
devtoolset-15 Software Collection 15 scl enable gcc-toolset-15 'gcc -v' GCC 15.1.1, GDB 16.3, binutils 2.44, dwz 0.16, annobin 12.93 ...
Fluka 2020.0 Suivant votre $SHELL :

SH,BASH : source /soft/fluka/fluka.sh

CSH,TCSH : source /soft/fluka/fluka.csh
Matlab R2019b Suivant votre $SHELL :

SH,BASH : source /soft/matlab/matlab.sh

CSH,TCSH : source /soft/matlab/matlab.csh
NAG 5.1
NAG Lib Fortran Library, Mark 21 nag_env g77 -pthread -m32 -l nag_nag -L $NAG_LIB  toto.for
Python 3.9.25 Par défaut

Avoiding the Pitfalls of the Anaconda License

Please, take care about the channels used if you use Anaconda, because there is some licence restrictions, In brief :

  • Conda, the package manager, is free, open-source and available to all.
  • Conda packages from public channels such as conda-forge, bioconda or any other community channel, are free, open-source and available to all.
  • Conda packages managed by Anaconda Inc. and Anaconda distribution are free if and only if:
  • your organization has fewer than 200 employees, or
  • Your organization is exempt (e.g. students or educational institutions, provided it is used for program-based courses).

See the complete documentation https://mivegec.pages.ird.fr/dainat/malbec-fix-conda-licensing-issues/en/

So :

Check and fix your installation for licensing problems : https://mivegec.pages.ird.fr/dainat/malbec-fix-conda-licensing-issues/en/pages/conda-check/#check-and-fix-your-installation-for-licensing-problems